La iglesia de Miraflores se encuentra en el casco antiguo del pueblo, orientada al Este.

La primera iglesia debió construirse entre 1419 y 1481. Contemplando el ábside que se conserva actualmente, con los arbotantes que contienen los muros y la torre redonda, podemos imaginar que el aspecto exterior de aquella iglesia debía tener cierto carácter de castillo o fortaleza. La entrada principal, una portada gótica probablemente, se encontraba en el mismo lugar que la entrada actual. Se conserva una parte intacta en el interior, y existen algunos datos sobre ella en los libros de cuentas de la iglesia, conservados en el archivo municipal. Las columnas del crucero están formadas por ramilletes de aristones sin capiteles, característica del último período del gótico. Las columnas se separan en arcos simétricos que sostienen las bóvedas. La nave principal era del mismo estilo y a cada lado de esta existían dos capillas.

De este siglo XV se conserva una preciosa pila bautismal del año 1492, labrada por Juan de Cas, al que se pagaron 1000 maravedís por dicho encargo. La copa mide 0.65 metros de altura por 1.25 metros de diámetro, y base de 30 cm de altura. Realizada en piedra caliza, está adornada por tracería gótica enmarcando flores.

La torre, de planta cuadrada, pertenece al primitivo edificio construido durante el siglo XV, y es el único elemento que se conserva del mismo. Las obras se iniciaron en 1511 siendo los constructores García y Pedro de Guijaba. La torre se tasó en 1512 por Juan Campero (autor de la torre de la iglesia de Guadalix) y Pedro Gumiel (maestro de obras del Cardenal Cisneros). Fue restaurada por Francisco de Badajoz entre 1750 y 1753.

En 1529 se iniciaron las obras del presbiterio y crucero, supervisadas por el maestro García de Cubillas y finalizaron sobre 1540.

En el libro de cuentas de la iglesia están registrados los 1553 reales que se pagaron a Bartolomé de la Morena y Francisco Serrano por la obra que se realizó en la capilla de Santa Catalina. Por el mismo concepto se pagaron a Miguel Ramírez 1556 maravedís. La madera de la capilla costó 1380 maravedís, y los gastos de la obra alcanzaron en 1621 los 21558 maravedís.

Marcos de Espinar recibió en el año 1625, 346 reales por dorar el retablo de la capilla de San Agustín. Al año siguiente se llamó a un maestro de obras para que tasase la reparación de la capilla. En el dorado del retablo de la capilla del Señor Santiago, trabajo encargado también a Marcos de Espinar, se gastaron más de 20000 maravedís. Pocos años después, en 1637 se realizó la reparación de la capilla, que se encontraba en malas condiciones.

La última capilla estaba dedicada a Nuestra Señora del Rosario. A finales del siglo XVIII se reedificó completamente la parte posterior del templo, a partir del crucero.

El cuerpo de las tres naves es del siglo XVIII. La contrata de la obra para la reedificación de la iglesia se firmó en 1788. Intervinieron los maestros de obra Francisco Bermejo, Pedro Torre y Juan Toraiga, por un importe de 90000 reales. El maestro arquitecto Manuel Turrillo diseñó los planos de la obra, cuyo coste alcanzó los 150000 reales.

El edificio actual es el resultado de una sucesión de elementos añadidos: torre, presbiterio y crucero, tres naves, dos pórticos orientados al norte y sur respectivamente, y una serie de capillas adosadas a ambos lados de las naves laterales.

La nave central está cubierta con falsa bóveda de medio cañón con tres lunetos a cada lado decorados con vidrieras. Las naves laterales están cubiertas con bóvedas vaídas delimitadas por arcos fajones. Las naves están separadas por cinco arcos de medio punto, doblados, con un pequeño resalto en la clave, que apoyan sobre pilares cuadrados a los que se adosan columnas de estilo dórico del lado de la nave central. El coro se encuentra a los pies de la nave central sobre dos columnas dóricas.

Se accede a través de un pórtico de estilo neoclásico situado en el lado sur, con un paso central en arco de medio punto y dos laterales de distinta altura. Dos arcos de medio punto dividen el interior en tres tramos. El pórtico del lado norte es adintelado con columnas dóricas sobre basamento.

Las capillas están adosadas a los laterales. La capilla de San Antonio de Papua está adosada al brazo del crucero en el lado de la epístola. Fue proyectada por Fray Sebastián Martínez y se fundó en 1738. Esta capilla se respetó en las obras del siglo XVIII. Se reformó en 1960 siguiendo los modelos barrocos. En este mismo lado se encuentra el cuarto donde se guardaban los caudales de la iglesia. Allí se encuentra la escalera de piedra que sube al coro, de 1772, obra de Juan Sanz.

La Capilla de San José, fundada en 1858 por José de Calderón se encuentra en el lado del evangelio. Fue inaugurada el día 8 de marzo de 1858.

Durante la guerra civil, el día 10 de agosto de 1936, se destruyeron todos los retablos y se quemaron todas las imágenes y cuadros. La iglesia fue utilizada como almacén de intendencia. Entre las obras que se perdieron se encontraba el retablo del altar mayor, una obra que se encargó especialmente para la iglesia de Porquerizas. En el basamento, en bajorelieve, existían varias figuras que representaban las virtudes teologales y cardinales y algunos apóstoles. Sobre el basamento se levantaban cuatro cuerpos:

1. Se encontraba a la altura del altar y se dividía en dos recuadros. En el recuadro del lado del evangelio había una talla representando el nacimiento del redentor. En el del lado de la epístola, otra talla que representaba la huída de Egipto. Los cuerpos superiores estaban separados por cornisas de flores y cabezas de ángeles. En ellos podían verse escenas de la Pasión, Jesús atado a la columna y debajo, la oración en el huerto, en el lado del evangelio.
2. En el centro y a mayor altura, Jesús crucificado entre la Virgen y San Juan.
3. En el lado de la epístola, el Descendimiento y la Resurrección.
4. Debajo de Jesucristo Crucificado, en el centro de todo una talla de la Virgen de la Asunción que ocupaba dos cuerpos sobre el Sagrario.

Este retablo lo construyó entre 1557 y 1558 Diego de Velasco de Ávila. La pintura y el dorado del retablo se encargo a Jerónimo Rodríguez y se realizó entre los años 1563 y 1566. El retablo actual es una copia casi perfecta de éste que acabamos de describir.

• El retablo de Santiago se encontraba en el crucero en el lado de la epístola, de espaldas al presbiterio. El altar se componía de tres cuerpos:

1. Los dos inferiores se dividían en tres recuadros separados por columnas corintias. En el basamento se talló a los apóstoles en altorrelieve. Los recuadros exteriores contenían pinturas que representaban la Sagrada Cena, la bajada del Espíritu Santo sobre los Apóstoles, la Anunciación de Nuestra Señora y la Adoración de los Reyes.
2. En el recuadro central del segundo cuerpo, una altorrelieve de la Virgen entregando una casulla a San Ildefonso. En la parte superior del retablo una imagen del apóstol Santiago a caballo, con unos moros a pie. Existía también una hornacina con la imagen de Nuestra Señora de la Paz entre las pinturas del cuerpo inferior.

• El retablo de Nuestra Señora del Rosario se encontraba justo enfrente del retablo de Santiago, pero en el lado del evangelio * El Retablo de Santa Catalina, se encontraba haciendo ángulo recto con el retablo de Nuestra Señora del Rosario, adosado a la pared lateral del crucero.
• Junto al retablo de Santiago se encontraba el retablo de la Soledad, anteriormente de San Agustín, dorado por Marcos Espinar en 1625.

En 1987 comenzó a construirse la plaza de toros actual...